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内蒙古微生物驯化微生物的主要来源是空气.水.原料.辅料.器具和房屋环境，一般规律是空气细菌多，原料霉菌多，场地酵母多。1.空气：空气被称为微生物的天然运输者，无论是土壤还是土壤，.水域.动植物中的微生物只要卷入空中，就会被带到远离原地，落入制曲场等其他地方。由于空气中缺乏营养和足够的水分，微生物不会在空气中繁殖，尤其是直接光照不利于微生物的发育。
空气中的微生物数量和种类受季节影响较大，如冬季细菌多于夏季，夏季霉菌和酵母多于冬季等。“伏曲”.南方曲优于北方曲的客观现象。
2.水
微生物之所以能在水中大量存在和繁殖，是因为水中的有机物可以作为其营养，微生物在水中的数量取决于水质。水源不同，微生物种类不同。内蒙古微生物驯化天然水中的微生物大多是杆菌，土地水中的微生物种类和数量较多，主要是芽孢杆菌，下水道中的微生物主要是寄生菌和腐生菌。
3.原料
未经任何化学的制曲原料.物理(高温.高压处理时，其微生物含量非常丰富。以小麦为例，每11只小麦，微生物含量非常丰富。g小麦含霉菌7.3×103个，酵母菌4.39×104个，细菌2.85×105个。因此，原料是大曲微生物的重要来源。
4.器具
大曲生产的器具可以网络微生物和储备“残留”微生物的特征。
曲室和生产中使用的糠壳不容忽视.草帘或谷草物品，这两个环节的微生物不仅品种多，而且经老熟驯化后。内蒙古微生物驯化技术解释“精品”即优良菌，起到提供菌源的作用，从而促进发酵到有益方面。
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